۲۳ مهرماه ۱۳۷۱ آیت الله سیدمصطفی خوانساری رحلت کرد. از همان نخستین روزهای رحلت ایشان مراجعات گروه های مختلف برای در اختیار گرفتن این گنجینه ارزشمند آغاز شد. عمده مراجعان سه گروه بودند . نخستین کسانی که قصدشان از خرید این مجموعه ، صرفاَ کسب منفعت از تجارت کتاب بود. دوم آن هایی که این کتاب ها را برای کتابخانه شخصی خود می خواستند و دسته سوم، موسسات و یا کتابخانه های کوچک قم و شهرستان های دیگر که در تلاش بودند این گنجینه عظیم را تصاحب نمایند. مدتی گذشت و خبر به اطلاع رهبر معظم انقلاب رسید . آقای محمدی گلپایگانی به نمایندگی از حضرت آیت الله خامنه ای آمادگی ایشان برای خرید کتابخانه را به فرزندان مرحوم خوانساری اعلام کرد و آن ها را در جریان نیت ایشان برای خرید کتابخانه و اهدای آن به آستان قدس رضوی و موسسه امام خمینی قرار داد. آن ها نیز پذیرفتند و معامله انجام شد . احمد خوانساری با همان پول برای پدربزرگش آیت الله احمد خوانساری مقبره ای ساخت و کمی بعد موسسه خیریه ایتامی هم تأسیس کرد که باقیات صالحاتش ماندگار باشد. یک روز بعد ، آیت الله استادی برای تحویل کتابخانه به قم آمد. از آن جا که در دوره بیماری آیت الله خوانساری و روز های پس از ارتحال ایشان ، کسی به کتابخانه رسیدگی نکرده بود ،چهار پنج مجلد از کتاب های روی طاقچه را موریانه خورده بود . فقط کافی بود تا کمی دیگر خرید و انتقال کتاب ها به عقب بیفتد و پیک رهبر انقلاب کمی دیرتر برسد تا موریانه همه کتاب های خطی را از بین ببرد.(منبع روزنامه خراسان چهارشنبه ۲۸ آبان ۹۳ شماره ۱۸۸۳۷ صفحه ۱۲)
